Księża Pallotyni sprowadzili się do Radomia, na Młodzianów, 10 lipca 1939 roku. Przybyli wtedy księża: S. Czapla SAC i C. Jurkiewicz SAC. Ustalono wtedy, że uroczystość inauguracyjna pracy Księży Pallotynów w Radomiu ma się odbyć dnia 3 września 1939 r. Wymienieni wyżej księża zamieszkali od 30 sierpnia 1939 roku w wynajętym u p. Anieli Kozaczek mieszkaniu przy ul. Młodzianowskiej 128.
Dnia 1 września 1939 roku, w pierwszy piątek miesiąca, z nalotami niemieckich bombowców rozpoczęła się wojna. Ks. C. Jurkiewicz SAC przez pewien czas pełnił funkcję kapelana wojska polskiego. Po rozbiciu formacji wojskowej, do której dołączył, powrócił do Radomia. Dnia 30 września 1939 roku, po zniszczeniu w wyniku wojny, na nowo zorganizowana kaplica, stała się miejscem niosącym nadzieję. Ks. Józef Kuraś w Uroczystość Wszystkich Świętych dokonał ponownego poświęcenia kaplicy.
Pomimo czasu wojny i okupacji przy kaplicy Św. Józefa, toczyło się normalne życie i posługa duszpasterska. Każdego roku odbywały się rekolekcje wielkopostne, praktykowano pierwsze piątki i pierwsze soboty miesiąca, odprawiano nabożeństwa Drogi Krzyżowej i Gorzkich Żalów, przygotowywano dzieci do Pierwszej Komunii św.; odbywały się liczne spotkania duszpasterskie w grupach dzieci, młodzieży i dorosłych jak Krucjata Eucharystyczna czy Sodalicja Mariańska oraz w okresie Bożego Narodzenia odwiedziny duszpasterskie. Wszelkie jednak akta kościelne dotyczące wiernych, którzy korzystali z kaplicy Św. Józefa, na Młodzianowie, zapisane zostały w parafii Opieki NMP w Radomiu.
Kronika wspomina, że w dniu 25 marca 1940 r. odbyła się uroczystość prymicyjna, ks. L. Krawczyka SAC, a 6 sierpnia grupa młodzieży i dzieci z Młodzianowa z okazji bierzmowania odwiedziła parafię Św. Teresy od Dzieciątka Jezus na Borkach. Dnia 8 grudnia 1940 r. bp J. Lorek poświęcił w kaplicy nowy ołtarz. Obecny był ks. J. Maćkowski SAC – Przełożony Księży Pallotynów w Polsce.
W Poniedziałek Wielkanocny – 14 kwietnia 1941 r. – następna Msza św. prymicyjna, ks. J. Dąbrowskiego SAC. Dnia 2 czerwca, radość I Komunii św. przeżyła kolejna grupa dzieci z Młodzianowa. 27 czerwca 1941 r. ks. S. Czapla podpisał umowę na budowę organów z Firmą Biernackiego z Warszawy. Przez kilka niedziel, w Kaplicy Św. Józefa podawano w ogłoszeniach listę osób, które ofiarami wspierali budowę organów. W ciągu kilkunastu dni września 1941 r. udało się ukończyć ich budowę. Organy poświęcił ks. dziekan z Fary, a prof. F. Rączkowski, po nabożeństwie wykonał koncert.
Według ogłoszeń, Młodzianów obejmował wtedy ok. 2000 – 2500 wiernych. Do pracy duszpasterskiej przy kaplicy przybyli nowi księża: dnia 31 lipca 1941 roku – ks. S. Martuszewski SAC, a 12 września 1941 roku – ks. P. Drews SAC. W pierwszych dniach maja 1942 r. przybył do Radomia kolejny kapłan, ks. A. Jaroch SAC.
Od 11 maja 1942 roku pracę przy kaplicy, w nowo założonej ochronce przeznaczonej dla dzieci z ubogich rodzin, w wieku od 4 do 6 lat, prowadzą Siostry Zmartwychwstanki. Pomimo bardzo trudnych warunków życia, dzięki ofiarności wiernych, przybywa coraz więcej koniecznych do wyposażenia kaplicy paramentów liturgicznych. Jesienią tego roku, wielokrotnie w ogłoszeniach duszpasterskich kierowano apele o wzajemną pomoc, szczególnie wobec najbardziej potrzebujących. Utworzono przy kaplicy „komitet tzw. sąsiedzkiego dożywiania dzieci”. Rodzina, mająca często swoje własne dzieci, przyjmowała do siebie biedne dziecko, aby je nakarmić. Osoby należące do komitetu, dzięki zebranym ofiarom i składkom, wspomagały taką właśnie rodzinę. Wielką nadzieję w trudnym czasie wniosły rekolekcje wygłoszone przez ks. L. Brodę SAC w IV niedzielę Wielkiego Postu 1943 r.
Dnia 30 sierpnia 1943 roku przybywa, aby pomagać w pracy dusz-pasterskiej, kolejny kapłan – ks. E. Winklarz SAC; podjął on wkrótce opiekę nad ministrantami i Krucjatą Eucharystyczną. W przeddzień rocznicy wybuchu wojny, wierni przychodzący do kaplicy Św. Józefa włączyli się we wspólną modlitwę całej diecezji, prosząc Boga o zakończenie wojny i pokój. Taka modlitwa miała miejsce w każdą sobotę, w czasie popołudniowego nabożeństwa.
Wśród często podejmowanych inicjatyw dla wspomagania najbiedniejszych i dzielenia się z nimi tym, co najpotrzebniejsze i konieczne, wielokrotnie młodzież i dzieci należące do sodalicji i krucjaty organizowały przedstawienia teatralne w salce ochronki dla dzieci. Miało to również miejsce przed świętami Bożego Narodzenia w 1943 roku.
Czas wojny coraz bardziej dawał się we znaki. Na skutek akcji zbrojnej przeciwko Niemcom przeprowadzonej na Młodzianowie i Zamłyniu 28 lutego 1944 roku rozszerzono czas godziny policyjnej już od godz. 18.00. Nie wiedząc o tym, ks. P. Drews SAC powracając do domu z posługi duszpasterskiej w innej parafii, znalazł się w zasięgu walki. Wielokrotnie zdarzało się, że księża pomagający w spowiedzi, powracający wieczorami, poddawani byli rewizji przez patrole żołnierzy niemieckich. Do poruszania się po okolicy konieczne były przepustki; dla księży wydawał je osobny urząd okupacyjny. Rekolekcje wielkopostne w tym roku poprowadził ks. Kokociński, ze Zgromadzenia Filipinów. W dniu 11 czerwca 1944 roku grupa 20 dzieci z ochronki parafialnej przyjęła I Komunię św. W ostatnich dniach lipca 1944 roku dokonano pierwszych nalotów bombowych na Radom.
Kolejny rok – 1945, zaznaczył się w połowie stycznia huraganowym ogniem artylerii. Od wczesnych godzin rannych, 16 stycznia 1945 roku, trwała ogromna kanonada i huk czołgów. Następnego dnia na Młodzianowie byli już sowieccy żołnierze. Pojawiły się polskie flagi. Zachęcano w spotkaniach ze społeczeństwem, aby wstępować do armii. Obiecywano, że administrację ma objąć wojsko polskie. W dniu 21 stycznia 1945 roku odprawione zostało nabożeństwo dziękczynne za ocalenie Radomia i kaplicy.
Od dnia 12 lutego 1945 r. rozpoczęła się nauka w Szkole Powszechnej nr 5 przy ul. Traugutta 52.
W kwietniu 1945 roku, w III Niedzielę po Wielkanocy, dokonały się zmiany. Ks. S. Czapla SAC został mianowany rektorem domu SAC w Sucharach, woj. poznańskie. Na jego miejsce, jako rektor w Radomiu, został wyznaczony ks. P. Drews SAC. Do wiadomości podano również, że bp. J. K. Lorek znając „rozwój życia religijnego na Młodzianowie uznał za pożyteczne dla sprawy Bożej stworzenie tu parafii. Dokument erygowania parafii i zakreślenie jej granic, nastąpi z chwilą zakończenia wojny, gdy tylko będzie można skomunikować się z Rzymem”.
Dalej podano, że proboszcz parafii Opieki NMP ks. D. Ściskała, pozwolił od dnia 1 maja 1945 roku „moim parafianom z Młodzianowa, Zeorku, Godowa, Mazowszan i Huty Mazowszańskiej na chrzty, śluby i pogrzeby w tutejszej kaplicy. Ponieważ parafia na Młodzianowie nie jest jeszcze formalnie erygowana, księgi parafialne prowadzi nadal kancelaria kościoła mariackiego”.
Podjęto wkrótce zbieranie ofiar oraz organizowanie kwesty na budowę Kaplicy Św. Józefa, aby powiększyć ją o nawy boczne. Dnia 4 maja 1945 r. w fundament kościoła pod wezwaniem św. Józefa w Radomiu wmurowany został dokument przedstawiający dotychczasową pracę duszpasterską Księży Pallotynów.